Что зашифровано во всей этой истории (Аватар Кэмерона)? 

Кто такой Иисус Христос? Человек с небес, который воплотился на Земле, жил среди людей, учил их, призывал к всетерпению и всепрощению, призывал любить врагов своих, говорил им о любви к Богу Отцу, проторил Путь к этому Богу Отцу, проклинал все земное, превозносил небесное, решительно отказывался жениться, потом умер, воскрес, стал Богом, вознесся обратно на небеса, чтобы как можно больше людей последовало за ним, подальше от этой доли печали, лежащей во власти Диавола.

Джейк- Пришелец с небес, воплотился на Пандоре, жил среди людей, учился у них жизни, полюбил все земное, женился на местной женщине, восстал против "Небесных Людей", стал Богом, возглавил восстание, умер и воскрес, благодаря Великой Матери Эйве и остался жить на Земле.

Послание более чем ясное.
Кроме того есть параллели с "Глубинной книгой" Пятибрата. Тот описывает, что десант на Землю Тварей- Змеюношей во главе с Яговой прибыл сюда с планеты "Родина" на звездолете. И полковник все время говорит Джейку о возвращении на Родину. Далее- Десант Яговы, точно также как в фильме начал цивилизовывать аборигенов- т.е наших предков, причем так, что они прятались от Прогрессоров по оврагам и лесам, потому что методы были самые живодерские.